Việc bố trí giếng trời phải được tính toán cẩn thận, hợp lý thì mới khai thác được hết tính hữu dụng của nó.

1. Vị trí hợp lý

Tùy vào diện tích, chiều dài ngôi nhà mà bố trí giếng trời ở giữa nhà hoặc cuối nhà. Đôi khi, phải kết hợp cả hai nếu nhà quá dài. Việc phân bổ vị trí giếng trời phải hợp lý, cốt sao cho ánh sáng tràn vào nhà chan hòa mà không quá nhiều ở một nơi, nơi khác lại thiếu. Mặt khác, việc chọn vị trí còn tùy thuộc vào hướng gió của khu vực.

Cũng xin lưu ý là tác dụng của giếng trời chủ yếu là đưa khí thải trong nhà ra ngoài, tăng thêm ánh sáng tự nhiên từ ngoài vào trong nhà. Còn việc đón gió thổi từ ngoài vào nhà là rất hạn hữu.

Việc khai thác các không gian xung quanh giếng trời sao cho hiệu quả cũng là vấn đề, thông thường nên mở cửa sổ rộng tối đa có thể, theo cả hai phương ở khu vực này.

2. Chống dột, chống mưa tạt, chống kẻ gian đột nhập vào nhà qua lỗ giếng trời.

Khi thiết kế giếng trời phải tính đến việc lợp mái lấy sáng (di động hoặc cố định) hợp lý. Không nên lợp mái bằng kính cường lực một lớp mà phải dùng kính an toàn hai lớp.

Việc thiết kế và thi công giếng trời để mưa không tạt vào cũng rất cần thiết: các vật liệu như tấm lợp polycarbonat, kính cường lực không thể liên kết bền vững với xi măng, bê tông. Do vậy cần thông qua liên kết trung gian là thép. Khoảng vượt của mái lợp cũng phải hợp lý để tránh mưa tạt trực tiếp vào giếng trời. Việc vừa bảo đảm thông gió vừa bảo đảm mưa không tạt vào rất cần sự thiết kế chỉnh chu và thi công đúng kỹ thuật, nếu không thì sự bền vững sẽ không có.

Các khung thép bảo vệ kẻ gian đột nhập vào nhà cũng phải được thiết kế bảo đảm kỹ thuật, mỹ thuật. Với việc phát triển của công nghệ cắt thép lá CNC, chúng ta có thể làm được những giếng trời có hoa văn đẹp mắt, vừa mang tính trang trí vừa bảo đảm an toàn, an ninh.